پنجمین سرشماری عمومی نفوس و مسكن كشور در سال ۱۳۷۵ ه.ش اجرا شد كه برای اولین بار از دستگاه‌های خودكار برای ورود و پردازش اطلاعات (OMR) مورد استفاده قرار گرفت. براساس نتایج حاصل از این سرشماری، جمعیت ایران به ۶۰۰۵۵۴۸۸ نفر رسید. از سال ۱۳۷۶ ه.ش اجرای طرح آمارگیری نمونه‌ای بررسی ویژگی‌های اشتغال و بیکاری خانوار به صورت سالانه آغاز شد. اجرای طرح‌های آمارگیری متنوع با موضوعات كشاورزی و مسكن نیز رونق بیشتری در این سال‌ها پیدا كرد. یكی از اقدامات بسیار مهم در این سال‌ها تأسیس پژوهشكده آمار وابسته به مركز آمار ایران در سال ۱۳۷۸ بود كه با هدف پاسخگویی به بخشی از نیازهای پژوهشی در زمینه آمار و اطلاعات در نظام آماری كشور ایجاد شد. همچنین در سال ۱۳۷۸ اولین وب‌گاه مركز آمار ایران راه اندازی شد. با فعال شدن شورای عالی آمار، ساختارجدید، وظایف و گردش كار نظام آماری كشور در سال ۱۳۷۹ ه.ش مورد تصویب شورای عالی آمار قرار گرفت و مركز آمار ایران به عنوان دبیرخانه شورا، وظیفه ایجاد هماهنگی و فعال سازی كمیته‌های آماربخشی مستقر در دستگاه‌های اجرایی را كه در آن زمان تعدادشان به ۳۰ كمیته می‌رسید، برعهده گرفت. درسال ۱۳۷۹ ه.ش سازمان برنامه و بودجه کشور با سازمان امور اداری و استخدامی کشور ادغام شد و تحت عنوان سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور به فعالیت خود ادامه داد.

با ورود به دهه هشتاد، فعالیت‌های بسیاری در مركز انجام پذیرفت این فعالیت‌ها  شامل تهیه چهارمین جدول داده-ستانده مركز برای سال ۱۳۸۰ ه.ش،  اجرای سرشماری عمومی كارگاهی در سال ۱۳۸۱ ه.ش كه بیش از ۲۸۰۰۰۰۰ كارگاه را در كشور شناسایی نمود، تكمیل پوشش بخش‌های دیگری از آمارهای بخش خدمات كه با ورود فناوری‌های جدید به كشور مورد توجه قرار گرفته بودند از جمله آمارگیری‌های مربوط به كارگاه‌های خدمات اینترنت و تلفن همراه و آمارگیری از كاربران اینترنت، اجرای طرح آمارگیری اشتغال و بیكاری به صورت فصلی از ابتدای سال ۱۳۸۰ ه.ش و اصلاح اساسی این طرح در سال ۱۳۸۴ ه.ش و اجرای مستمر آن با عنوان جدید طرح آمارگیری نیروی كار كه تا كنون نیز ادامه دارد، می‌شود. همچنین در این دهه، محاسبه شاخص‌های قیمت در بخش های تولیدكننده نیز مورد توجه قرارگرفت. برای نخستین بار در این سال‌ها طرح‌های آمارگیری با موضوعات فرهنگی با همكاری مركز در سطح كشور به اجرا درآمد. در سال ۱۳۸۲ ه.ش،  سومین سرشماری عمومی كشاورزی در كشور به اجرا درآمد كه بر اساس نتایج آن،  بیش از ۴۰۰۰۰۰۰ بهره‌بردار كشاورزی در كشور شناسایی شدند. طی سال های ۱۳۸۳ تا ۱۳۸۶ ه.ش،  جمهوری اسلامی ایران(مركز آمار ایران) به صورت رسمی به عضویت كمیسیون آمار سازمان ملل متحد درآمد و در این دوره اقدامات گسترده‌ای به منظور ارتقای كیفیت آمارهای تولیدی خود پایه ریزی واجرا نمود.در ضمن ایران(مرکز آمار ایران) طی دوره ۲۰۱۰-۲۰۰۵ به عنوان عضو شورای حکام موسسه آمار آسیا و اقیانوسیه(سیاپ) که وابسته به کمیسیون اجتماعی و اقتصادی منطقه آسیا و اقیانوسیه سازمان ملل متحد ( اسکاپ) است انتخاب شد و همکاری‌های گسترده‌ای با سیاپ در زمینه برگزاری دوره آموزشی بین المللی و منطقه‌ای داشته است.